Savonlinnan lyseon lukion jatkaa vuonna 1884 perustetun Savonlinnan reaalilyseon perinteitä. Vuonna 1890 valmistunut lyseorakennus toimii nykyään kaupungintalona. Koulu muutti Piispanmäelle uuteen koulutaloon syksyllä 1966. Savonlinnan yhteislyseosta muodostettiin vuonna 1975 kaksi hallinnollisesti erillistä koulua: Piispanmäen lukio ja Piispanmäen yläaste. Piispanmäen lukion nimi muutettiin Savonlinnan lyseon lukioksi vuonna 1981.
Piispanmäen yläaste lakkasi 31.7.2002. Piispanmäellä sijaitsevan koulutalon nimi muuttui 1.8.2002 alkaen Savonlinnan lyseoksi, jossa toimivat tämän jälkeen Savonlinnan lyseon lukio ja Savonlinnan aikuislukio.
Lyseon rehtorit:
Karl Edvard Roschier 1884-1890
E. J. Budden 1891-1917
V. R. Hietalahti 1918-1944
Veikko Ervola 1944-1969
Pentti Salervo 1969-1991
Jouko Turtiainen 1991-2007
Ismo Falck 2007-
Savonlinnan lyseon lukioVuosikertomus 2017-201830.4.2018